Bootcamp de Bioinformàtica per a enginyers (Bioinformatics Bootcamp for Engineers)
- Àrea: Transformació Digital
- Modalitat: Presencial
- Data inici: 18/09/2017
- Localització: Barcelona
Descripció
La bioinformàtica és, per definició, un camp interdisciplinari, però la transició de l'enginyeria a la bioinformàtica requereix més que una simple introducció a la biologia. La bioinformàtica tracta d'algorismes i sistemes de computació dedicats a l'anàlisi de grans conjunts de dades d'informació biològica. Des del punt de vista de l'enginyeria, per tant, els biòlegs són els clients i, com a resultat, la pròpia biologia informa moltes de les decisions que es poden i s'han de fer al dissenyar algoritmes bioinformàtics, pipelines i la seva implementació en recursos de hardware.
Aquest curs no pretén cobrir amb detall tot l'enorme espectre de la bioinformàtica, sinó que es focalitza en dos aspectes: mostrar als participants què pot oferir i trencar les barreres per poder-hi entrar.
Aquest boot camp ha estat dissenyat per donar els tres elements més essencials en l'aproximació a la bioinformàtica: la base conceptual del lèxic més comú en la biologia moderna, una visió pràctica de la naturalesa, l'abast i el format dels problemes i les dades abordades i visió interactiva dels mètodes, pràctiques i marcs operatius de la biologia moderna. Amb tot aquest conjunt de punts, l'alumne hauría de poder acostar-se a projectes col·laboratius en bioinformàtica, interactuar amb el biòleg per establir associacions, apropar-se a la literatura primària en biomedicina i identificar àrees on buscar més formació en bioinformàtica.
El curs combina teoria i pràctica, amb exercicis d'anàlisi de dades i ha estat organtizat per l'Associació Bioinformatics Barcelona (BIB) conjuntament amb Enginyers de Catalunya (*).
(*)Enginyers de Catalunya: és un grup de treball que aglutina entitats que representen a professionals de diversos àmbits de l'enginyeria a Catalunya: Enginyers Industrials, Camins, Agrònoms, Telecomunicacions i Informàtics.
Programa
1.1 Biology as a compunting paradigm.
Introduction to molecular biology with a focus on information processing, essential concepts in molecular biology, central dogma, evolution and information processing.
1.2 Experimental methods in biomedial research
Experimenting design, controls and replicantes, molecular biology and high-throughput methods. Critical reading of molecular biology manuscripts anb team-based discussion; hypothesis, evidence and methods.
1.3 Essential bioinformatics
Genome assembly, alignment and sequence search; dynamic programming, computacional issues and search strategies, multiple sequence alignment, parallelization. Guided exercices on main bioinformatics repositories, BLAST flavors
1.4 Microbiome research
Microbiome and hologenome, bacteria in human health and the environment
2.1 Microbiome research
Metagenomics, concepts and approaches, 16S and deep-sequencing, environmental human microbiome analysis, computacional challenges critital reading of microbiome analysis manuscripts; team-based discussion
2.2 Cancer biology
Guided exercices on microbiome data analysis. Cancer as a disease, tumor stages, critical pathways, chemo-, radio-, and immunotherapy, metastasis and resistance. Bioinformatics approaches to cancer and therapy. Critial reading of experimental cancer manuscripts using bioinformatics approaches; team-based discussion. guided exercices on cancer data analysis.
Veure programa detallat
Professorat
Els professors formen part de l'Associació Bioinformatics Barcelona.
Coordinador: Ivan Erill. Associate Professor of Bioinformatics at the University of Maryland Baltimore County. B.S. and Ph.D. in Computer Sciences from the Universitat Autònoma de Barcelona. His professional experience spans the development of bioinformatics algorithms, biomedical microdevices and biological databases, as well as research in biological information processing, comparative genomics and transcriptional regulation. He leads a research group working on comparative genomics and metagenomics of transcriptional regulatory systems in bacteria, bacteriophage genomics and the development of ontology-assisted text-mining tools.
Julia Ponomarenko. Unit Leader, Bioinformatics Unit, Centre for Genomic Regulation (CRG)
David Torrents. Computational Genomics Group Manager, Life Sciences Department, Barcelona Supercomputing Center (BSC).
Mercè Planas. PhD student, Computational Genomics, Life Sciences Department, Barcelona Supercomputing Center (BSC).
Miguel Angel Peinado. Group Leader Mechanisms of Tumor Progression Group, Institut de Medicina Predictiva i Personalitzada del Càncer (IMPPC)
Eduard Monsó. Director, Pneumology Unit, Hospital de Sabadell. Parc Taulí
Gemma Marfany. Professor, Department of Genetics, Universitat de Barcelona (UB)
Cédric Notredame. Group Leader, Comparative Bioinformatics, Centre for Genomic Regulation (CRG)
